蚊子在生态系统中最核心的作用之一是作为众多生物的重要食物来源。其生命周期贯穿水陆两界，每个阶段都为不同捕食者提供能量。
水生阶段：蚊子幼虫（孑孓）生活在水体中，是鱼类（如食蚊鱼、孔雀鱼）、蝌蚪、蜻蜓稚虫（水虿）、水生甲壳类及部分两栖动物的重要蛋白质来源。对于许多淡水鱼类而言，孑孓是维持种群数量的关键食物。
成虫阶段：成年蚊子，尤其是雄性（仅以花蜜为食），是空中捕食者的重要猎物。燕子、雨燕、蜂鸟等多种鸟类，以及蝙蝠、蜻蜓、蜘蛛、螳螂等，都将蚊子纳入食谱。在北极苔原等特殊生态系统中，夏季密集的蚊群甚至是候鸟和驯鹿等动物的重要营养补充。有研究指出，若蚊子消失，在苔原筑巢的候鸟数量可能下降超过50%。
